No âmbito da saúde, representada pelo Sistema Único de Saúde (SUS), a principal diretriz é apostar na Estratégia Saúde da Família (ESF) para reorganizar a atenção básica à população. O entendimento do Programa é que toda essa dimensão deve estar inserida nos projetos pedagógicos das escolas, desde que considerada a diversidade sociocultural das diferentes regiões do país e a autonomia dos educadores e de suas equipes pedagógicas. Essa conjuntura estabelece mais do que um apoio interministerial, mas um compromisso dos gestores públicos das esferas estaduais e municipais pela melhoria da qualidade da educação e saúde dos estudantes.
A coordenação do Programa Saúde na Escola (PSE) de acordo com os gestores, a principal contribuição do programa é desmistificar a concorrência entre as políticas públicas, e fazerem-nas intersetoriais, unindo esforços estratégicos e táticos e fortalecendo o arranjo educativo necessário para a efetiva oferta de uma educação integral.
Na prática, a estruturação do trabalho se dá a partir de três componentes principais.
Um deles, mais estrutural, Formação e outros dois com implicações práticas nos terrenos escolares .Avaliação Clínica e Psicossocial e Promoção e Prevenção à
Saúde. A formação é entendida como uma responsabilidade das três esferas de governo, em caráter contínuo e permanente.